Akcja gry Ghost Recon 2: Advanced Warfighter toczy się w 2014 roku gdy narastający konflikt wpędził Meksyk w wojnę domową. Odział Ghosts dowodzony przez kapitana Scotta Mitchella zostaje wezwany, aby zapobiec coraz większemu zagrożeniu dla USA. Los dwóch krajów leży więc teraz w rękach oddziału „duchów”, który musi zlikwidować zagrożenie.