Naszą przygodę w grze DOOM RPG II rozpoczynamy od dotarcia na planetę Mars w celu wyjaśnienia dziwnych zjawisk mających miejsce w stacji UAC. Naszym pierwszym zadaniem jest wybór bohatera. Możemy wybrać pomiędzy trzema postaciami – sierżantem Blazkowiczem (w którego wcielaliśmy się w poprzedniej części gry), początkującego naukowca oraz kobietę-żołnierza. Wybór postaci jest dość istotny – każda z nich różni się od siebie poziomem wytrzymałości, zadawanych obrażeń czy też liczbą IQ.
W grze przede wszystkim chodzi o to, żeby przemieszczać się z planety na planetę niszcząc przy okazji niezliczone ilości przedziwnych potworów. Do dyspozycji mamy bardzo dużo rodzajów przeróżnych broni.